有机肥发酵设备的工作原理因设备类型不同会有一定差异，但总体来说都是利用微生物的作用将有机废弃物转化为有机肥，常见的有以下几种工作原理：
1、好氧发酵原理：
氧气供应与微生物增殖：在好氧发酵过程中，首先需要保证充足的氧气供应。设备通过送风机、通风管道等装置，将空气不断输送到发酵物料中。氧气进入物料后，好氧微生物如细菌、真菌等开始大量繁殖。这些微生物以有机废弃物中的有机物为食，在生命活动过程中分解有机物，同时释放出热量。
温度升高与有机物分解：随着微生物的不断繁殖和代谢活动的进行，发酵物料的温度会迅速升高。一般在 1-2 天内即可进入高温期，温度可达到 60℃甚至更高。在高温环境下，有机废弃物中的大分子有机物如蛋白质、纤维素、半纤维素等被微生物分解成小分子的物质，如氨基酸、葡萄糖、有机酸等。这些小分子物质更容易被植物吸收利用，同时也使有机废弃物的体积减小、重量减轻。
搅拌与匀翻的作用：为了使发酵物料能够充分与氧气接触，保证发酵的均匀性，有机肥发酵设备通常配备有搅拌装置或翻堆装置。这些装置不断地对物料进行搅拌、匀翻，让物料中的各个部分都能得到充足的氧气，从而提高发酵效率和质量。
水分蒸发与腐熟：在发酵过程中，物料温度升高会导致水分蒸发。随着水分的逐渐减少，物料的含水率会下降到合适的范围，有利于后续的加工和使用。经过一段时间的发酵，有机废弃物中的病原菌、虫卵、杂草种子等有害生物会被高温杀死，有机物也被充分分解和腐熟，最终形成了稳定的、无害化的有机肥料。
