首先，动物粪便含有大肠菌.直接使用寄生虫线虫、虫卵等细 菌和害虫会导致病虫害的传播.作物的发病会吸引苍蝇产卵，污染环境，影响食用农产品的人的健康。其次，未经处理的动物粪便含有大量未消化的有机物，不但不能直接用于作物，还会造成“二次发酵”现象。当作物小，抵抗力弱时，发酵产生的热量会影响生长，导致烧根.幼苗燃烧，甚至导致植物死亡。第三，未发酵腐烂的动物粪便多为大分子有机物，不能直接被作物吸收利用，肥效极慢。
有机肥堆肥发酵过程一般需要45-60天。这是因为植物致病菌会在堆肥的早期加热和高温阶段被杀死.虫卵.杂草籽等有害微生物，但微生物的主要作用是代谢.繁殖只产生少量代谢物，这些代谢物不稳定，不易被植物吸收。那么，将粪便成熟发酵成有机肥需要什么条件呢？
畜禽粪便发酵成有机肥需要的条件如下：
水分。保持适当的含水量，是促进微生物活动和堆肥发酵的首要条件。一般以堆肥材料量最 大持水量的60%-75%为宜。
通气。保持堆中有适当的空气，有利好气微生物的繁殖和活动，促进有机物分解。高温堆肥时更应注意堆积松紧适度，以利通气。
酸碱度。保持中性或微碱性环境。可适量加入石灰或石灰性土壤，中和调节酸度，促进微生物繁殖和活动。
碳氮比。微生物对有机质正常分解作用的碳氮比为25∶1。而豆科绿肥碳氮比为15-25∶1、杂草为25-45∶1、禾本科作物茎秆为60-100∶1。因此根据堆肥材料的种类，加入适量的含氮较高的物质，以降低碳氮比值，促进微生物活动。
近年来，随着有机肥使用的推广和我国环境保护育种的大力推广，以及许多自动发酵畜禽粪便设备，如高温好氧发酵罐，可直接将粪便输送到成品粉状有机肥，大大提高了发酵成本，降低了时间劳动力成本，移动履带翻堆机，也大大节省了时间劳动力成本，材料混合.破碎.翻堆已成为越来越多养殖企业和有机肥企业的选择。
