有机质含量是判断有机肥质量的一项重要指标，如果在发酵有机肥时没有达到足够的有机质含量，就会影响有机肥的质量，那么应该如何增加有机肥的有机质含量呢？
一、选用含有微生物的肥料发酵剂。当前许多有机肥生产厂家，用来生产发酵有机肥的物料都是鸡粪、牛粪和作物秸秆等。养殖户在养殖过程中为了给畜禽创造干爽的环境，会在没有清理的粪便中加入炉渣和泥沙等无机物质，而且在畜禽的粪便中本身还含有粗纤维、粗蛋白和未被畜禽消化的饲料成分。传统发酵是很难完全分解这些物质的，并且发酵不完全。
二、在发酵物料中添加一些有机质含量高的物质，如：锯末和糠醛渣等。锯末和糠醛渣中碳源丰富，但是传统发酵也是很难发酵充分且发酵时间长，降低了锯末和糠醛渣的可利用率。肥料发酵剂中的微生物菌种，在好氧碳氮比为30:1的环境条件下可大量繁殖和工作，将锯末糠醛渣充分发酵，增加有机肥中含氮化合物和碳水化合物等成本，还增加了有机肥中的有机质。
三、在发酵物料中添加腐殖酸类物质。腐殖酸是有机质的主要组成成分，但是腐殖酸溶于水和弱酸，这就对发酵环境有了一定的限制。
