有机肥的生产主要包括：1原料准备；2发酵腐熟；3制粒成型；4质量控制。在原料准备环节：需要对原料的成分进行化学分析和进行粉碎，在将原料混合时还需调节水分、调整碳氮比以及调节pH。在发酵腐熟环节：需要接种发酵菌，进行曝气以确保堆体内含有合适的氧气，进行翻抛以控制堆体温度和促进水分的散发。发酵腐熟的有机肥可以直接施于大田作物，也可以进行制粒。在制粒成型环节：需要经过粉碎、配料、混合、造粒、烘干、功能菌（有时可添加）、冷却7个步骤。制成的颗粒状有机肥一般用于花卉、果蔬和大棚作物。为了确保有机肥的质量需要进行质量控制，检测有机肥相关指标，然后根据有机肥准判定是否合格。
大量的畜禽粪便不仅造成严重的环境污染，而且严重制约了畜牧业的持续稳定发展。在环境保护意识日渐增强的今天，已成为人们普遍关注的问题。进入21世纪，畜禽粪便调节水分后生产有机肥料，变废为宝，已经得到了人们的普遍认同。
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