从实用性和成本控制方面来说，槽式发酵系统是有机肥生产企业的首选工艺。这里作一下比较发现，自走式翻堆机机动灵活，但占地面积较大；发酵罐发酵周期短，但代价高昂并非适合大众化需求。目前应用较为广泛的为槽式翻堆机，高档次的有双螺旋式翻堆机和链板式翻堆机等等，产品种类众多，可根据自身需求定购。
利用太阳能进行好氧发酵是有机肥料生产过程中相当重要的一个环节。在这期间，有机固体废弃物的处理必须解决干燥、发酵、灭菌、除臭等问题，并最终以较低的成本获取较高的经济收益。在发酵之前，通过将各种待发酵的原料按照一定的比例进行混合，从而满足水分、碳氮比等发酵条件，最终实现缩短发酵周期的目的，达到最理想的发酵效果。
为了把有机固体废弃物制成高效有机肥，必须将其进行充分的发酵腐熟。因为没有经过发酵或者发酵不彻底的有机固体废弃物施用到土地里对农作物是极其有害的，它在土壤中可分解产生热量以及碳酸气体等有害物质，严重影响作物的发芽及作物根系的生长。而有机固体废弃物充分发酵后却能达到消除有害物质，消灭病菌，减少臭气的目的，同时也减小了占地空间，使腐殖质均匀地增加，施肥时用起来更加地方便。充分发酵腐熟是提高有机肥料中的有效成分腐殖酸的必要过程，而不经过该步骤处理的有机原料直接加入无机肥料所制成的有机无机复混肥料，尽管有机碳能达标，但因腐殖酸含量低对农作物及土壤不利。
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