鸡粪中含有大量的微生物有害病菌，绝对不能直接施用，一定要进行深度高温发酵。一定发酵的目的主要是两个，一是杀灭有害病菌，一是将未充分消化的物质进行有机质化，增加实际有机质的含量。
发酵主要是在地面堆放或者发酵槽中进行，即将鸡粪堆积在发酵槽中，最好的同时添加适量的发酵菌种，使用翻堆机搅拌均匀即可，通常发酵的时间为12-15天。
经过深度发酵后的鸡粪，进行烘干，粉碎。粉碎后的鸡粪即可直接施用，但还只是称之传统的农家肥，尚不能称之为商品有机肥料。
但如果要制成商品化的有机肥料，即执行NY525-2011标准。按照这个标准，NPK的总含量必须大于或等于5%，有机质必须大于等于78%，水分小于等于30%，PH值在5.5-8.0。当然还有其他的要求，如五项重金属的含量不能超标，蛔虫卵死亡率和大肠杆菌值等都需要符合标准。
只有符合上述要求，都是合格的有机肥料。从外观上来说，商品有机肥料分为粉状和颗粒的两种。如果要生产成颗粒的商品有机肥料，还需要使用有机肥肥料造粒机进行造粒，有机肥料的造粒生产设备一般采用圆盘造粒的比较多。其他还有新型有机肥造粒机等。
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