由于腐植酸具有增加土壤的有机质和无机养分含量，提高作物产量，以及改善作物品质等作用，有机肥生产线腐殖酸生产有机肥、复合肥（复混肥）作为一种新型肥料，正成为21世纪生态农业用肥的发展方向。这里主要论述该肥中腐植酸类物质在农业上的应用。
1、使用腐植酸，可改变土壤中含盐过高、碱性过强、土粒高度分散、土壤结构性差的理化性状，促进土壤团聚体的形成，使其成良好状态，从而为植物根系生长发育创造良好的条件。 (新疆生物、土壤、沙漠研究所试验结果)
2、施用腐植酸可疏松耕层土壤，破坏盐份的积累，降低表土含盐量，起到隔盐作用，提高出苗率，减少弱苗、死苗，使植物健康成长。
有机肥生产线腐植酸可有效地防治地下病虫害和植物病害及病菌。根据北京、四川、江西大量研究试验证明，腐植酸有机肥对果树的腐烂、小叶、黄叶病、黄瓜的霜霉病、辣椒的炭疽病、病毒病等都有明显防治和抑菌杀菌的效果，施用腐植酸有机肥，不使用任何农药，黄瓜自始至终都不会发生过大的病虫害。 腐殖酸有机肥适用于水稻、小麦、棉花、油菜，大豆、花生，玉米，麻类、西瓜、果树、蔬菜、烟叶、茶叶、药材、花卉、牧草、苗木等。
新型有机肥造粒机又称湿法有机肥造粒机，它是用粉状物料在湿态下完成造粒过程，特别对鸡粪猪粪牛粪、蘑菇渣、秸秆、腐殖酸、甘蔗渣进行造粒有特效。使造粒及其后续过程（如干燥、包装等）的操作条件得到大大改善。通常粉尘降低率达90%以上。通过造粒可避免粉体产品易出现的结块、架桥等影响使用的现象，同时避免了使用过程粉料带来的二次污染，使产品的物理性能得到较大改善。发酵后的原料含水分在40%即可造粒。从而保证有机肥料产品质量。
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